30.VIII.199O r. po dziesięcioletniej pracy na stanowisku dyrektora Zespołu Szkół Medycznych odchodzi na emeryturę Marianna Rędzikowska. Funkcję dyrektora z poręczenia Rady Pedagogicznej obejmuje Elżbieta Kowalska. Pełni ją dwa lata-do 1992 roku. 

W roku 1992 na podstawie decyzji Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej wstrzymano nabór do Liceów Medycznych. Kształcenie pielęgniarek od tej pory odbywa się w formie pomaturalnej. Warunki nauczania pozostają nadal bardzo trudne. Na 520 osób uczących się na różnych wydziałach szkoła dysponowała tylko 9 salami wykładowymi. Zajęcia trwały więc od godz. 7:00 - do 18:00. Korzystając z życzliwości Zespołu Opieki Zdrowotnej zorganizowano pracownię w Szpitalu przy ul. Żeromskiego. 

W 1992 r. Zarząd Miasta podjął decyzję o przyznaniu szkole własnej siedziby w byłych obiektach koszar wojskowych przy ul. Saperów. 

Na stanowisko dyrektora szkoły powołano Stanisławę Bujnowicz, która pełni tę funkcję do chwili obecnej. 

Rozpoczęcie roku szkolnego 1992/1993 stanowiło bardzo ważny moment w dziejach szkoły. Placówka doczekała się wreszcie upragnionego własnego budynku, który wspólnymi siłami dyrekcji, nauczycieli, pracowników administracji i obsługi oraz uczniów i ich rodziców przygotowaliśmy na dzień 1 września. Uroczystość otwarcia nowego roku szkolnego miała bardzo podniosły charakter. Po raz pierwszy zainaugurował swoją działalność nowy kierunek kształcenia-Wydział Fizjoterapii. 

Najważniejsze działania polegały na przeorganizowaniu szkoły. Wstrzymano nabór do Liceum Medycznego i dostosowano kształcenie do lokalnych potrzeb. W ciągu trzech lat powołano 3 nowe kierunki. Tworzenie kolejnych wydziałów pociągało za sobą konieczność modernizacji i dostosowania pomieszczeń do potrzeb wdrażanych programów nauczania. Największym sojusznikiem okazali się rodzice, którzy w trosce o przyszłość swoich dzieci przejęli współodpowiedzialność za losy szkoły. Z ich inicjatywy gromadzono systematycznie fundusze przeznaczone na wyposażenie szkoły, zakup pomocy dydaktycznych i organizację zajęć pozalekcyjnych. Dzięki operatywności Komitetu Rodzicielskiego szkoła wzbogaca się o meble i książki, kserokopiarkę, sprzęt do gabinetów przedmiotowych. Naszej młodzieży stworzono wreszcie możliwość korzystania z zajęć na pływalni i aerobiku. 

Z zapałem przystąpiliśmy do urządzania "Izby Tradycji" i później gabinetu "Promocji Zdrowia", sal komputerowych, trzech pracowni pielęgniarstwa. Reaktywowano zespół muzyczny, urządzono radiowęzeł, bibliotekę z czytelnią oraz salę audiowizualną. Znacznie wzbogacił się szkolny księgozbiór i, co szczególnie cenne, przybyło wiele opracowań o tematyce medycznej. Oprócz książek i czasopism rozpoczęliśmy gromadzenie zbiorów specjalistycznych, takich jak: programy komputerowe, filmy wideo itd. 

W okresie blisko dziesięciu lat pod kierownictwem dyrektor Stanisławy Bujnowicz szkoła przeszła znaczne przeobrażenia, bo oprócz tego, że powołane zostały nowe wydziały, ulepszono i unowocześniono gabinety przedmiotowe. Powstały pracownie medyczne, laboratoria wyposażone w najnowszy sprzęt audiowizualny. W 1993 r. uruchomiona została pracownia komputerowa, dzięki czemu wszyscy słuchacze Studium poza programowo poznają podstawy obsługi komputera i profesjonalnych programów medycznych. Młodzież może korzystać z czytelni, siłowni i basenu. 

Szkoła jako jedna z pierwszych w Polsce, w 1994 r. wprowadziła wdrożeniowe programy nauczania. W tym też roku zainicjowany został ogólnopolski program "Sami Sobie", dzięki któremu do dnia dzisiejszego nasi słuchacze efektywnie promują zachowania zdrowotne w szkołach powiatu elbląskiego w zakresie profilaktyki AIDS, narkomanii, alkoholizmu, nikotynizmu, szkoleń pierwszej pomocy przedrnedycznej i problemów dojrzewania biopsychospołecznego. Te działania sprawiły, iż szkoła nasza doskonale zintegrowała się ze środowiskiem, a słuchacze i wykładowcy stali się popularni, lubiani i cenieni. Przez wszystkie lata pracy szkoły, kolejni dyrektorzy szczególnie dużą uwagę przywiązywali do właściwego doboru kadry nauczycielskiej. Szkoła zawsze mogła liczyć na pomoc najlepszych w swych specjalnościach pracowników elbląskiej służby zdrowia. Udostępniano nam, w miarę możliwości, pracownie i gabinety lekarskie. Olbrzymi, niepodważalny wkład w kształcenie naszej młodzieży wnieśli również instruktorzy praktycznej nauki zawodu oraz opiekunowie praktyk w poszczególnych placówkach. Trzeba podkreślić, że tylko w jednym roku szkolnym zajęcia na Wydziale Pielęgniarstwa prowadzone były w 29 placówkach szkoleniowych, w tym 16 oddziałach lecznictwa zamkniętego i 13 otwartego. 

Od 1993 r. młodzież zarówno Liceum Medycznego jak i Medycznego Studium Zawodowego prowadzi działalność w ramach cyklu "Promocja zdrowia i zapobieganie chorobom" dla dzieci, młodzieży i dorosłych z terenu Elbląga. Pogadanki i dyskusje obejmują szeroki zakres tematów promujących zdrowy styl życia. 

Od 1.IX.1993 r. uruchomiono nowy kierunek kształcenia w Medycznym Studium Zawodowym-technik farmaceutyczny. Utworzone zostają pracownie specjalistyczne na potrzeby nowego wydziału: technologii postaci leku (tzw. "Mała Apteka"), laboratorium analityczne oraz pracownia kinezyterapii na potrzeby Wydziału Fizjoterapii. 

W tym również czasie Komitet Rodzicielski podjął decyzję o ufundowaniu stypendium dla wybitnie zdolnych uczniów. Pierwszymi stypendystkami zostały: Katarzyna Piskor-ze średnią ocen 5,06 oraz Edyta Topolska-ze średnią ocen 4,81. 

W czerwcu 1994 r. szkołę opuszcza pierwszych 20 absolwentów Wydziału Fizjoterapii. Większość z nich od razu podjęła pracę w elbląskich placówkach służby zdrowia. 

Od 1 września 1994 r. uruchomiono kolejny Wydział-Ratownika Medycznego. 

Tworzenie nowego Wydziału wymagało dużych nakładów finansowych i profesjonalnego wsparcia instytucji lokalnych. 

Słowa podziękowania za okazaną pomoc i ciągłe promowanie Wydziału należy skierować do Pani Haliny Sałaty Dyrektora Wydziału Zdrowia Urzędu Wojewódzkiego w Elblągu oraz płk. Lecha Rogowskiegoówczesnego Szefa Wojewódzkiego Inspektoratu Obrony Cywilnej. Dzięki ich zaangażowaniu szkoła pozyskała środki na zakup sprzętu, ratowniczego i pomocy dydaktycznych, a Wydział zaistniał w środowisku lokalnym. 

Od samego początku słuchacze Ratownika Medycznego aktywnie włączają się w działania środowiskowe. Prowadzą szkolenia z zakresu pierwszej pomocy przedmedycznej, prezentują swoje umiejętności ratownicze w akcjach pokazowych. 

W grudniu 1995 r. na terenie szkoły odbyła się Wojewódzka Wystawa Sprzętu Medycznego, w której uczestniczyły największe firmy. Prezentowany nowoczesny sprzęt medyczny i ratowniczy cieszył się dużym zainteresowaniem. 

19 czerwca 1996 r. pożegnaliśmy ostatnich absolwentów Liceum Medycznego. Przez 21 lat istnienia dyplom wykwalifikowanej pielęgniarki uzyskało ponad 1100 osób. 

Po raz pierwszy w historii szkoły 15 słuchaczy otrzymało tytuł ratownika medycznego, tego dnia pożegnaliśmy również ostatnich absolwentów Wydziału Analityki Medycznej. W ciągu 10 lat tytuł technika analityki medycznej uzyskało 80 osób. 

Od 1 września 1996 r. w miejsce Zespołu Szkół Medycznych powstaje Medyczne Studium Zawodowe. Od tego dnia kształcimy w systemie policealnym na Wydziałach: Ratownika Medycznego, Fizjoterapii, Techniki Farmaceutycznej i pomaturalnym na Wydziale Pielęgniarstwa. 

W kolejnych latach rozszerzamy bazę dydaktyczną o specjalistyczne placówki szkoleniowe oraz modernizujemy pracownie i gabinety przedmiotowe. Dzięki staraniom dyrektora szkoły i władz lokalnych otrzymujemy dwie pracownie komputerowe, skomputeryzowana zostaje biblioteka szkolna, sekretariat, księgowość oraz pracownia ratownictwa. Od 1997 roku słuchacze korzystają z usług Internetu. 

W kształceniu słuchaczy wykorzystujemy najnowszą aparaturę i urządzenia medyczne oraz komputerowe programy zawodowe, z którymi absolwenci stykają się w momencie podjęcia pracy zawodowej 

Ważnym wydarzeniem dla miasta w roku 1999 była wizyta papieża Jana Pawła II. Szkoła nasza gorąco i aktywnie włączyła się w organizację uroczystości powitalnych Wielkiego Polaka. Słuchacze Wydziału Pielęgniarstwa i Ratownika Medycznego wraz z pracownikami służby zdrowia zabezpieczali medycznie odbywające się uroczystości religijne. 

W wyniku reformy administracyjnej kraju od 1 stycznia 1999 r. organem prowadzącym szkołęjest Samorząd Województwa Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie.